首先，原理不同。有源滤波器是通过向电网中注入与原有谐波电流幅值相等、相位相同、方向相反的电流，使流入电源的总谐波电流为零；无源滤波器是根据电容电阻固有的阻抗特性，对某一特定频率的谐波呈低阻抗，为负载谐波电流提供较低的阻抗通道，与电网抗形成分流关系，使大部分该频率的谐波电流流入滤波器而不流入电网。
其次，效果不同。有源滤波器的滤波效果可达95%左右，可动态滤除谐波的同时又能够抑制闪变并补偿无功功率；而无源滤波器的滤波效果在65%左右，只能滤除某一次或多次特定频率谐波。
再次，价格不同。无源滤波器的结构简单，成本较低；有源滤波器滤波效率高，相对无源来讲会稍贵一点，但是随着时代的发展，产品质量和技术都在提高。